مولف افضل التواریخ، خوزانی اصفهانی، ذیل رویدادهای سال 940 که دهمین سال سلطنت طهماسب و سال درگذشت کرکی است، می نویسد:
مجتهدالزمانی، علامة الدورانی، شیخ علی بن عال که سبب ترویج دین مبین و باعث استحکام شرع حضرت سید المرسلین ـ صلوات الله علیهم اجمعین ـ بوده، در این سال، جهان گذران، بدرود نموده، به آگاه دلی، در خدمت حضرت اعلی جان شیرین را به جهان آفرین سپرد. حزن بسیار از ممرّ آن مجتهد روزگار قرین خاطر اهل آن دیار گشته، قاضی مسافر تبریزی را که قاضی عسکر آذربایجان بود، مقرر داشتند که نعش آن هادی دین مبین را به مشهد مقدس معلّی رساند. و تصانیف اعلم المعلمین را که حاشیه الفیه و جعفریه، و رساله جعفریه، و شرح قواعد، و شرح ارشاد، و حاشیه ارشاد، و حاشیه شرایع، و شرح لمعه بود، مقرر داشتند در کتابخانه خاصّه شریفه، مکرر نویسانده، به علما دهند که می خوانده باشند. عارفی تاریخ فوت آن برگزیده درگاه الله را «مقتدای شیعه» یافته بود.
تعبیر «اعلم المعلمین» همین طور «کتابخانه خاصه شریفه» و نیز «نویساندن» کتابها و رسائل محقق، نکات جالب این یادداشت کوتاه هستند.
محقق کرکی سخت مورد احترام شاه بود، و بعد از وی، اعقاب دختری وی، جایگاه رفیعی در دولت صفوی داشتند و بیش از همه، این امر، بخاطر احترامی بود که دولت صفوی، برای محقق کرکی و نقش او در تأسیس دولت صفوی قائل بود.